ChIP—Seq
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。基于此，我们推出ChIP-Seq的完整解决方案，协助您一起探索生物奥秘。
技术线路：
样本准备：
（1）DNA纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间;
（2）DNA总量：每个样品总量不少于15ng；
（3）DNA的保存溶剂：H2O 或TE (pH 8.0)中；
（4）样品运输：冰袋运输，且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；
（5）建议在条件允许情况下，提供可供两次样品制备的量，以确保实验质量及延续性。
数据分析：
应用案例：
研究背景：
1.控制大多数哺乳动物发育的转录因子可以控制细胞类型特异性模式的基因表达，通过高通量测序技术，在哺乳动物中鉴定出400,000至1.4 million个增强子，如：有特定的组蛋白修饰的增强子。
2.建立和维持胚胎干细胞（ESCs）动态的基因表达依赖于少数几个主要转录因子，包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等，与中间物复合体一起可以结合增强子，易于捕获RNA聚合酶II来作用靶基因的启动子区域。关于降低中间物水平可以模拟影响ESCs的Oct4水平的机制目前还不清楚。利用ChIP-seq技术,发现超级增强子具有影响大多数哺乳动物细胞类型中有识别作用基因表达的功能。
研究方法：
1. 小鼠基因组DNA提取。
2. 极小量的Oct4 启动子扩增，荧光素酶表达构建。
3. 利用illumina平台，进行ChIP-seq测序。
4. 数据分析。
分析结果：
1. 发现ESCs大量基因组结构域被主要的转录因子和中间物占据。如下图：展示了8794个ESC增强子集合中， H3K27ac, H3K4me1, DNaseI hypersensitivity, OSN正常的ChIP-seq 密度和信号分布图。
2. 超级增强子通常与主要细胞识别基因有关。图中显示出转录因子ESCs的OSN; pro-B cells 的PU.1; 肌小管的MyoD; T-bet in Th（T helper）细胞; 巨噬细胞的C/EB Pa 分别在 Esrrb, Inpp5d, Myod1, Tcf7, and Thbs-1的位置关系，以及统计3种细胞类型（ES,Pro-B (murine progenitor B)的典型增强子相关基因与超级增强子相关基因的韦恩图。
