lncRNA测序
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度在200~100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。 它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式，具有跨物种的低保守性，组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本，而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。
技术优势：
（1）信息完善：去rRNA的建库方法，使得一个文库可以同时进行lncRNA和mRNA的分析，节省了实验成本；
（2）准确度高：链特异性建库方法，使得反义lncRNA的鉴定更加准确；
（3）前瞻性好：能发现大量未知的lncRNA信息，适合各类物种的研究；
（4）完整性：获取完整的lncRNA转录信息。
技术线路：
样本准备：
（1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
（2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。
（3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~阿2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
（4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
（5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
数据分析：
应用案例：
本研究对人类结肠癌组织和正常黏膜组织进行RNA测序，两种样本分别得到52M和59M reads。通过比较发现，人类结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb处特异性地转录生成一种长链非编码RNA—CCAT1-L。功能研究表明，抑制CCAT1-L 会降低MYC基因表达；过表达CCAT1-L，会增强MYC基因表达，并促进肿瘤发生。进一步研究发现，编码这种lncRNA的基因座定位在一个超级增强子中，该lncRNA—CCAT1-L通过调节CTCF与染色质的结合来促进MYC基因增强子与启动子远程染色质环的形成。以上研究结果表明，lncRNA在肿瘤形成的过程中充当了一种重要的调控因子。
研究方法：
1） RNA-seq发现结肠癌组织lncRNA—CCAT1-L;
2） 用northern blot和qRT-PCR在其它病人的结肠癌组织进行验证；
3） ASO knockdown 和过表达研究CCAT1-L功能；
4） ChIP研究CCAT1-L调控染色质成环机制。
结果分析：
1. 结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb位点特异性地生成的lncRNA—CCAT1-L。
2. 编码CCAT1-L的基因座定位在一个超级增强子中。
