有参考基因组的转录组测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。通过转录组测序，能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息，从而进行转录本结构研究、变异研究、基因表达水平研究以及转录本发现等研究。
技术线路：
样本准备：
（1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
（2）样品的量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。
（3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
（4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
（5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
数据分析：
应用案例：
研究人员选用6头感染牛结核的荷斯坦母牛，从其单核巨噬细胞（monocyte-derived macrophages，MDM）样本中抽提RNA，进行测序。平均每个样本得到7.2M reads，与未感染结核杆菌的样本相比，感染结核杆菌后分别有2584个正义链基因和757个反义链基因差异表达。GO分析表明：这些差异表达的基因主要与免疫、细胞凋亡和信号传导相关。同时与高密度的Affymetrix基因芯片的方法进行比较，数据结果显示：在基因转录的检测与定量上，RNA-seq获得更多的差异表达基因，具有更大的动态范围。本研究突出了RNA-seq在免疫调控机制形成方面的应用。
研究方法：
结果分析：
映射到黄牛参考基因组上特殊和复杂位置的序列
在感染牛结核病24h后，死亡受体的信号通路
