宏基因组shotgun方法测序
宏基因组shotgun方法测序，是对特定环境样品中的微生物群体基因组（尤其是那些种类众多的难于培养的微生物），进行序列测定和功能基因的发掘，来分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。
目前宏基因组学研究在发现新基因，开发新的微生物活性物质，研究微生物群落结构及功能方面得到广泛的应用，宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略。
技术线路：
样本准备：
（1）样品类型：人体微生物的基因组DNA（双链DNA序列）。
（2）样品的量：构建小片段文库，DNA样品总量不低于3μg。
（3）样品质量：OD260/280值应在1.8～2.0 之间；样品的主带应在23kb以上，保证基因组无降解。
（4）样品浓度：样品的浓度越高越好，最低不应低于50ng/μl。
（5）送样要求：寄送样品最好保持低温环境，##好的方法是冻干邮寄，其次是溶于TE，当然也可以溶于双蒸水，样品必须注明溶剂成分。
数据分析：
应用案例：
通过研究牛的消化机制，来寻找可用于生产第二代生物燃料的酶。 研究者将柳枝稷样品置于牛的瘤胃中培养72小时，然后对附着在柳枝稷样品上的所有微生物进行宏基因组测序（268G）。获得了大量碳水化合物活性基因，对其中部分基因表达后得到产物进行研究，发现57%蛋白酶产物对植物中的纤维素显示出活性， 属于可分解纤维素的酶。此外通过测序结果组装了15种无法培养的微生物基因组，并通过其他方法得到证实。
研究方法：
结果分析：
候选基因与碳水化合物活性酶（CAZy）的数据库进行序列比对，发现存在较高的相似性
宏基因组测序获得15种无法培养的微生物序列。
宏基因组测序获得15种无法培养的微生物序列
