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10x Genomics 单细胞免疫谱测序

分类:10x Genomics 单细胞服务   发布时间    阅读: 313
10x Genomics 单细胞免疫谱测序
可同时检测单细胞转录组及B细胞、T细胞的多样性
通过Feature Barcoding技术,还可检测细胞表面蛋白和抗原特异性
加速对适应性免疫反应的研究和理解
10x Genomics 利用5'端接头的通用引物和免疫分子恒定区的巢式引物进行T细胞和B细胞的V(D)J富集,从而实现高通量的单细胞转录组测序和成对的重链和轻链(B细胞)或α和β链(T细胞)的全长测序。为免疫组库全面、系统的研究提供了高效的技术平台,对疾病发生、发展的分子机制研究有重要的意义。

技术优势:
(1)可实现成对的重链和轻链(B细胞)或α和β链(T细胞)的全长测序;
(2)精细到单细胞水平,能获得大量单细胞的免疫组库数据;
(3)同批样本可同时获得mRNA表达谱数据和免疫组库数据;
(4)灵活的获取量,可在7分钟内封装100-80000个单细胞,进而建库测序。

应用领域:
(1)抗体的鉴定和新抗体的发现;
(2)揭示Ig 库的发展,绘制全局Ig 库;
(3)研究传染性疾病,如感染发展中的抗体进化谱系等;
(4)研究免疫失调疾病的V(D)J 重组倾向性,寻找免疫失调疾病的标记物;
(5)癌症早期检测、癌症进程和复发诊断的标记物以及肿瘤免疫机制的研究。
样本准备:
(1)细胞类型:T细胞、PBMC、 B细胞、肿瘤细胞;
(2)细胞来源:血液提取、磁珠富集、流式分选、组织解离、体外扩增、冷冻保存;
(3)细胞大小:直径<40 μm;
(4)细胞浓度:5×105~1.2×106/ml;
(5)细胞活性:>90%;
(6)细胞数目:≥ 1×105 cells/sample。
(7)保存运输:为了减少运输过程及反复冻融对细胞造成的损伤,攸碧艾提供上门服务!

应用案例:

Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment, Cell, 2018.  

本文研究人员从8名乳腺癌患者的肿瘤样本及配对的正常乳腺组织、血液和淋巴结样本中获得45,000个免疫细胞,开展单细胞RNA测序实验。利用SEQC流程、Biscuit算法等,对这些免疫细胞进行聚类和鉴定。
后期,研究人员又通过10x Genomics Chromium平台,对来自3个额外乳腺癌组织的27,000多个T细胞,进行配对的单细胞RNA测序和TCR测序。
最终,该研究获得了一份乳腺癌微环境中多种免疫表型的单细胞图谱,这份图谱反映了适应性和先天免疫系统在免疫细胞上的多样性,以及与周围组织相关的巨大变化。